位于东京八丈岛临海所建的海洋设施「太平洋浮标」， 为了正式启动连结世界各地警察机构的即时影像监视器系统，因此广邀世界各国的工程师，为连接欧洲刑警机构的监控网路系统来进行共同研发，而应用脸部辨识的某个「新技术」也同时一并进行了测试。 另一方面，在园子的招待下，柯南与少年侦探团也为了赏鲸来到八丈岛。柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话，得知欧洲刑警机构职员在德国被琴酒杀害的消息。对此深感不妙的柯南，决定跳上开往「太平洋浮标」的专属警备艇企图潜入设施，而黑田兵卫等警视厅相关人员正好也在艇内。 此时，设施内正为了启动系统而进行各种准备，却发生了女工程师遭黑暗组织绑架事件！而她所持有的记录着某个重要情报的USB也不幸落入黑暗组织手中…。 深海中发出令人颤栗的金属摩擦声，而在八丈岛过夜的灰原身旁也出现不明黑影，悄悄地逐步逼近…… 当绝不能碰触的<黑盒子>被开启时， 遭封印的过去，如今浮出水面―― [简介原文] 絶体絶命の海洋(オーシャン)頂上(バトル)決戦(ロイヤル)ミステリー、ついに開戦―― 決して触れてはいけない〈玉手箱〉が開かれたとき 封じ込めた過去がいま、洋上に浮かび上がる―― 東京･八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設｢パシフィック･ブイ｣。 本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織･ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。 そこでは顔認証システムを応用した、とある｢新技術｣のテストも進められていた―。 一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナン達 少年探偵団。するとコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。 不穏に思ったコナンは、｢パシフィック･ブイ｣の警備に向かっていた黒田兵衛ら警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。 すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…！ さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡ってしまう… 海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…